兩者的費用及檢查性質皆不同。

l 胸部電腦斷層橫斷面成像，完全消除了結構組織及周圍結構重疊的干擾，分辨率高，能檢出胸部X片不易發現的隱蔽部位，如肺尖、心臟後區、臟肋膈角及脊柱旁邊的病灶。它也能有效顯示密度低的小病灶，如胸膜下小結節。隨著電腦斷層掃描技術的發展，甚至可一次性憋氣就進行全肺掃描，避免了在呼吸時遺漏病變。 
電腦斷層最常用的部位是頭部、耳鼻喉、胸腔、腹部、骨盆腔、脊椎、骨關節，幾乎全身各部位都可用CT來檢查。

l 核磁共振則是將人體置入一個大型的強烈磁場，使得體內水分子的相位重新排列。由於身體不同器官和組織的含水量不同，因此在水分子重新排列時，其所釋放出來的能量訊號也就不同，故而在影像上呈現不同的色調。基本上，由於軟組織 (例如：肌肉、 肌腱、神經系統…等) 的含水量較為豐富，因此，核磁共振攝影經常被用在軟組織的各種傷病的進一步評估上；也因此，最常使用核磁共振攝影的，莫過於骨科醫師和神經科醫師了！